Академия МНЭПУ ведет научно-методическую деятельность в г. Байконуре с 1997 года. В 2009 году был создан Научно-методический центр НОУ ВПО «Академия МНЭПУ». Байконурский научно-методический центр оказывает нормативно-правовую помощь Общественному совету самоуправления и администрации города по вопросам российско-казахстанских межгосударственных отношений, космической деятельности и безопасности, экологии и правового положения комплекса «Байконур», взаимодействия правоохранительных органов Российской Федерации и Республики Казахстан.
Авторским коллективом под руководством главы администрации г. Байконура доцента А.Ф. Мезенцева в Издательстве Академии МНЭПУ в 2005 году был издан сборник нормативных актов и документов «Комплекс Байконур», являющийся своеобразной конституцией комплекса и составляющий правовую основу первого в истории человечества космодрома.
Профессорско-преподавательский состав Академии МНЭПУ в тесном контакте с Российской академией космонавтики им. К.Э. Циолковского (РАКЦ) и исследовательским центром «Альтернатива» постоянно участвует в общественных обсуждениях, проходящих в г. Байконуре, по оценке воздействия на окружающую среду наземной подготовки космических аппаратов и их запуска на орбиту. Результаты этих обсуждений помогают объективно донести до заинтересованных организаций и граждан уровень экологической загрязненности регионов.
В июле 2011 года на базе научно-методического центра в Байконуре открылся филиал вуза Академии МНЭПУ.
Негосударственное образовательное учреждение высшего профессионального
образования "Академия МНЭПУ" (НОУ ВПО "Академия МНЭПУ") – первое в России
негосударственное высшее учебное заведение экологического профиля,
которое реализует социально-экологические программы среднего, высшего
и послевузовского профессионального образования.